El área de Salud Ambiental a través de sus diferentes áreas técnicas-analíticas tiene la función de laboratorio nacional y de referencia en los ámbitos de bromatología, drogas ilícitas, toxicología y contaminación ambiental; desarrollando todas sus especialidades en los ensayos ambientales, toxicológicos, de alimentos y asuntos metrológicos de interés nacional.

Dentro de sus variadas funciones se encarga de supervisar los laboratorios de salud pública que integran la Red Nacional de Laboratorios de Salud Pública; asegurar la producción nacional de insumos biológicos para garantizar la calidad de servicios estratégicos de interés sanitario, registrar los productos pesticidas y desinfectantes de interés sanitario y doméstico, y realizar investigación aplicada en temas relevante de salud pública y ambiental.