En el área de Microbiología de Alimentos y Agua cumple la función de ser el laboratorio nacional y de referencia  para los análisis microbiológicos de detección de microorganismos en muestras de alimentos y aguas, que provienen de programas internos, ministeriales, brotes de intoxicación, alertas alimentarias y/o proyectos de investigación. Además, asesora técnicamente y en gestión de calidad a los Laboratorios de Salud Pública y a la Autoridad en Salud.

Los métodos de ensayo implementados son métodos de referencia, (FDA, AOAC, AFNOR, MICROVal, Standard Methods, etc.), lo que incluye tanto análisis tradicionales de cultivo microbiológico como métodos alternativos validados y métodos moleculares.

Los resultados obtenidos generan información científicamente válida de exposición y prevalencia de microorganismos patógenos y/o indicadores microbiológicos de saneamiento en matrices alimentarias y aguas, contribuyendo a la autoridad de salud, en la evaluación de riesgos y la vigilancia de las enfermedades transmitidas por alimentos y agua.