La participación en programas de ensayo de aptitud, proporciona a los laboratorios, un medio objetivo para asegurar la confiabilidad de sus resultados y demostrar su competencia técnica.
El Laboratorio Nacional de Control, desde el año 2001 viene participando en los siguientes programas de ensayo de aptitud:
- Programa de Control Externo de la Calidad de los Laboratorios Oficiales de Control de Medicamentos de la OPS/OMS/ con asistencia de la USP (sede Washington DC)
- Programa Esquema para la Evaluación Externa de la Calidad de los Laboratorios OMS/ con asistencia de la EDQM (sede Ginebra)
- Ensayos de aptitud/interlaboratorio en técnicas físicoquímicas con proveedores internacionales acreditados.
- Programa Ensayos Interlaboratorio en Microbiología organizado por el Instituto Nacional de Salud de Perú INS (Comité de ensayos interlaboratorios) y proveedores internacionales
A la fecha el LNC ha participado en 37 ensayos de aptitud con muy buenos resultados, que incluyen ensayos físicoquímicos como HPLC, espectrofotometría UV, cromatografía gaseosa, disolución, pH, cromatografía TLC, humedad por Karl Fisher, polarimetría, titulación potenciométrica, titulación volumétrica, densidad, punto de fusión y ensayos microbiológicos como recuento total y valoración microbiológica de antibióticos.