El área de Ambiente tiene la función de coordinar la implementación de las directrices estratégicas y de calidad en los procesos a su cargo, siguiendo los principios de las normas de calidad implementadas.  Está compuesto por la Sección Química Ambiental con la cual desarrolla diferentes actividades relacionadas al ámbito de la exposición a contaminantes ambientales y su efecto en la salud.

Actúa como laboratorio nacional y de referencia en el área ambiental para los laboratorios de la red, públicos y privados. Realiza ensayos químicos y toxicológicos en muestras de matrices ambientales, biológicas proveniente de población general (sangre, orina, etc.) y otras de interés para evaluar la exposición ambiental a contaminantes químicos.

Presta apoyo a requerimientos solicitados por Ministerio de Salud (MINSAL), Secretarías Regionales Ministeriales de Salud (Seremis), Ministerio del Medio Ambiente (MMA),  Superintendencia del Medio Ambiente (SMA), Servicio Nacional del Consumidor (Sernac) u otras autoridades del país.