El Area de Metrología y Desarrollo Tecnológico, tiene la función de coordinar la implementación de las directrices estratégicas y de calidad en los procesos a su cargo, siguiendo los principios de las normas de calidad implementadas. Está compuesto por la Sección de Biotecnología y la Sección de Metrología de Ambientes y Alimentos con las cuales desarrolla diferentes actividades relacionadas al ámbito de la investigación aplicada y la metrología en materias de alimentos y medioambiente. Este Subdepartamento ha sido impulsor de la Metrología en el Sector Salud en el país.

El Subdepartamento cuenta con profesionales altamente calificados que participan de manera activa a nivel nacional e internacional en diversos organismos como el Sistema Iberoamericano de Metrología (SIM), Comité Consultivo para Cantidad de Sustancia (CCQM), Codex Alimentarius Internacional, entre otros.