El área de Sustancias Ilícitas tiene la función de coordinar la implementación de las directrices estratégicas y de calidad en los procesos a su cargo, siguiendo los principios de las normas de calidad implementadas.

Actúa como laboratorio nacional y de referencia en el área sustancias ilícitas para los laboratorios de la red, servicios de salud, entre otros, realizando ensayos químicos y toxicológicos en muestras de decomisos de presuntas drogas, estupefacientes y psicotrópicos como peritaje para la persecución penal del tráfico ilícito de sustancias prohibidas en la legislación vigente, por su impacto negativo en la salud pública.

Dispone y utiliza metodologías analíticas de alto estándar, recomendadas por las Naciones Unidas para este tipo de ensayo y mantiene una permanente superación en temas vinculados a su que hacer.